La commune située sur une hauteur boisée et accidentée, entre 700 et 900 mètres,dans la haute vallée du Soanan est en position très dominante au-dessus du ruisseau.

Au Moyen-Age, on retrouve l’existence du site rattaché à l’église de Lyon. La localité, située à la limite du Beaujolais et du Lyonnais appartint tour à tour à l’un et à l’autre.

En 1798, de nombreux Saint Appolinairiens participèrent à la sanglante embuscade de la Chapelle (commune des Sauvages), au cours de laquelle furent libérés des prêtres que les autorités emmenaient en déportation. La commune déclarée rebelle aux autorités constituées fut condamnée à payer 1152 francs et 10 sols.

Saint Appolinaire, à ce jour est un lieu privilégié du tourisme avec ses monts ses forêts et sa pépinière départementale.

Ce site boisé et montagneux valut à ce territoire d’être un lieu de résistance pendant la guerre de 39-45.