Plusieurs vestiges incitent à penser que le site fut occupé depuis la plus haute antiquité (pierre dressée, cromlech, etc.)

Au Xème siècle, la commune dépendait de l’abbaye de Savigny

Au XIIè siècle, les chanoines de Saint Just reçoivent la baronnie de Saint Clément, par reconnaissance du Pape Innocent IV, de l’hospitalité que le Chapitre de Saint Just lui avait accordé pendant son exil à Lyon. Le Chapitre de Saint Just devint Seigneurie toute puissante au spirituel, seul l’archevêque de Lyon était au-dessus et au temporel, le seul suzerain était le roi.

Saint Clément, au Moyen-Age, est sur le chemin de Lyon à Paris et le trafic est important
(rattachement de Lyon au royaume et installation de la papauté en Avignon au XIVè siècle, foire de Lyon à partir du XVè siècle).

Après le traité de Brétigny (8 Mai 1360), la région connut les sévices des brigands et des routiers ; épargnée par la guerre de Cent Ans, elle fut investie par les Grandes Compagnies qui la ruinèrent.

Sous la dépendance du Chapitre de Saint Just et des archevêques de Lyon et avec leur aide, Saint Clément se releva.